En efecto todos los años el CIN prepara el proyecto de presupuesto para todo el sistema de universidades públicas del pais, de acuerdo a su propio modelo de distribución de recursos. Este modelo, elaborado por la Comisión de Presupuesto del CIN, considera todos los aspectos relacionados con el sistema: matricula, tipo de carreras y requerimiento de cargos docentes, cantidad de sedes, salarios del personal, etc.

Para el año 2018, el CIN ha estimado en 107 mil millones de pesos las necesidades del sistema, más 3 mil millones destinados a infraestructura. Este presupuesto se distribuye en 102 mil millones para salarios y gastos de funcionamiento de cada una de las casas de estudios más sumas globales para hospitales universitarios, programas de incentivos y desarrollo de universidades nuevas.

Con respecto a las necesidades que el CIN había estimado para el corriente año el presupuesto representa un aumento de 27 %, y en relación a lo finalmente aprobado por el Congreso un 40 %. El Presidente del CIN señaló que "esperamos que el Poder Ejecutivo tome en cuenta nuestros requerimiento para el Proyecto de Ley que enviará al Congreso" a la vez que añadió que "de todos modos nos reuniremos con los Presidentes de las Comisiones de Educación y de Presupuesto, así como con los distintos bloques legislativos para presentar nuestro proyecto".